新聞局及NCC又因權責劃分問題有所爭議，這次是因為「有線電視事業發展基金」該由誰管而有不同意見。新聞局認為，在行政院函示獨立機關與行政機關的運作原則後，新聞局認為凡涉及廣電產業資源規劃、租稅優惠減免及輔導業務，應由行政機關辦理，而非屬獨立機關，因此，該基金業務應歸行政機關辦理。不過，聯合報則報導，有官員指出，行政院覺得NCC愈來愈「不聽指揮」，所以刻意要削弱其職權。
即使最後確定「有線電視事業發展基金」由誰統籌運用，這兩個媒體監理機關的爭執也不會到此為止，因為理想上，NCC的設立應從整體行政規劃及政府組織再造的角度設計，並完成相關配套措施後再行設立，不過，NCC組織法卻是因為在野黨不滿民進黨政府的管制媒體措施而通過，因而造成部分權責未能釐清的窘境。事實上，未來類似的事情還可能不斷發生，包括同樣具獨立機關性質的「有線廣播電視審議委員會」是否隸屬於NCC，或者相關權責如何劃分，亦可能成為另一個衝突的焦點。
有線電視發展基金來自業者提撥年度營業額的1%，其中30%作為普及服務、40%作為地方政府的文化發展、30%分給公視，在新聞局編列的2003年度預算中，該基金的用途包括了「撥付地方政府及捐贈公視」、「改善收視不良及災害救助」、「現況調查及服務品質提升」、「優良節目製作、推廣及示範」以及「推動有線電視分級付費等」。
有線廣播電視法中也規定該基金作為「統籌有線廣播電視之普及發展，與撥付當地直轄市、縣（市）政府，從事與本法有關地方文化及公共建設使用」。例如，台北縣政府92年度特重基金的使用計劃就包括：提升公益頻道、節目品質及製播地方文化與公益性節目；推廣地方文化產業特色行銷、宣傳活動等活動。
目前有線電視系統不像剛開放時的高度競爭，幾乎形成完全壟斷，業者也因為獨佔市場而開始獲利，實在有重新檢討有線電視發展基金的必要，相較於其它國家業者必須提撥年度營業額的5%左右，台灣有線系統業者似乎需要負擔更多的社會義務。
事實上，提高有線電視發展基金徵收比例，除了能為經費困窘的公廣集團增加財源外，也能將經費以專款用的方式強化地方節目性製作，以及建全地方傳播體系，亦即，這筆錢可以用來規劃系統業者將經費用於製作在地節目，宣傳並協助民眾使用公共頻道，與傳播科系、地方組織、文史團體開設節目製作、紀錄片拍攝等相關課程，讓有線電視特種基金能真正回饋地方，作為建構在地文化溝通的基礎。