〔記者鄭琪芳、魏怡嘉、鍾麗華／台北報導〕長庚醫院超收醫師健保費爭議，引爆國稅局對醫師展開全面查稅。據了解，國稅局初步鎖定十二家醫院，除了長庚之外，台北國泰、新光、振興、宏恩、台安、馬偕、中心診所、恩主公醫院，台中林新、仁愛醫院，桃園聖保祿醫院等，都列入首波查稅重點。
台北市國稅局官員說明，多年來，長庚醫院均以「駐診拆帳」名義申報醫師所得，超收醫師健保費曝光後，國稅局即進行查核，原本初步查核認為，只有部分兼行政職的醫師為「僱傭關係」；不過，後來衛生署出面表示，長庚醫師都是「僱傭關係」，等於所有長庚醫師都面臨補稅問題。
確認僱傭關係後 發單補稅
國稅局官員表示，由於涉及層面相當廣，除了財政部發函健保局，要求確認長庚等醫院的醫師為「僱傭關係」之外；為了加強「證據力」，國稅局日前也發函健保局，要求調閱醫院的「評鑑資料」，「確認」醫師與醫院是僱傭關係後，才會正式發單補稅。
國稅局官員說明，醫師若是「僱傭關係」，收入屬於「薪資所得」，報稅時，只能扣除薪資扣除額（目前十．四萬元）；若是「駐診拆帳」，收入屬於「執行業務所得」，可以扣除二十％。以月薪三十萬元醫師為例，若是「僱傭關係」，卻以「駐診拆帳」名義報稅，追溯五年就要補稅近百萬元。
據了解，長庚醫師涉及補稅問題，已引起監委及立委重視，已行文要求財政部說明；因此，財政部已要求各國稅局，全面查核轄區內醫院，了解醫師到底是「駐診拆帳」還是「僱傭關係」，國稅局首波鎖定十二家醫院，未來查核範圍將再擴大。
對於被列為第一波查稅的對象，新光醫院表示，自民國八十一年起國稅局就核准醫院醫師以執行業務所得申報所得稅，其中一部分是薪資，一部分是執行業務所得，且這個制度是一國二制，北區國稅局核准，中、南區的國稅局並不核准，其間北區國稅局一直想取消，但一直都沒有行文，所以醫院醫師在繳稅部分，一直都是依法辦理，會配合國稅局查稅。
新光振興國泰 都將配合查稅
振興醫院亦表示，醫院醫師如何報稅都經國稅局核准，現在要來查稅，醫師會配合，但也備感委屈。國泰醫院也表示，將配合查稅。
馬偕與台安醫院表示，院方與醫師一向是僱傭關係，因此沒有開立「執行業務所得」給醫師打八折報稅。