永揚案專家會議還在進行，又發現錯誤水文地質報告，6月2日台南高等法院程序庭，廠商永揚將95年度環保署委託瑞昶公司所做的查證目的之報告當作「證據結論」，向法官「證明」東山掩埋場下方無豐沛水源，且地下水流向東北。
場址位烏山頭水庫東北側，流向是污染水源區的直接證據。台南環保聯盟會長陳椒華表示，永揚委託成大中心所做報告地下水流向東南，2001年環評資料水流又向西或西北，資料差異甚大。
這份錯誤查證資料只監測四口井水，場址內小範圍水文，連場址位置都標錯；是環保署土壤及地下水污染整治基金管理委員會（土基會）委託瑞昶公司執行，全名「台南縣東山鄉事業廢棄物掩埋場地下水污染查證工作報告」。5月19日專家會議被環保團體發現，廠商心才不甘情不願提供。
6月5日環保團體與東山鄉嶺南村長陳顯茂再至環保署質疑土基會，立委田秋堇、黃偉哲（台南市）、李俊義（台南縣）、陳亭妃（台南市）之助理亦到場關切。
報告指出「場址附近水資源貧乏」，陳顯茂不滿說，大丘村（場址南方）地勢高有挖民井，王爺村（場址西南）不是沒有水是水太多不用花錢做井框，可以帶環保署人員去看。陳椒華說，「民間多次探測，地下水氫氧同位素偏重，導電度高，氯平均值超過1000ppm，甚至烏山頭水庫北側六甲掩埋場檢測也測偏重，」要求明確查清楚地下水污染。
垃圾沒進場 污染哪裡來？
查證報告擷四份論文段落，推理出場址離奇出現溫泉水，「關子嶺、六重溪氯鹽含量相當高…地層形成於淺海環境原始氯氧含量相當高…層積物孔隙有海水與泥漿水混合…降雨由地表滲入溶解地層氯鹽與上述物質逐漸混合，造成該地區地下水氯鹽含量偏高。」
此為環境背景值說法讓村長極為不滿：「為什麼我們村莊背景值不高，以後事情計畫好，是不是都說這裡背景值高。」場址原為山谷地，環保團體與村長皆懷疑不透水布下方已埋垃圾、廢土，原來土壤被永揚運去賣。
土基會執行秘書蔡鴻德致歉說：「一本報告引起軒然大波，若我看整個報告內容不會做這種結論。」組長何建仁則解釋，報告屬緊急應變計畫，當民眾陳情以最短時間得知結果；大範圍水流資料是有不足，水流方向與地質是中央地調所專長，我們是查證、訪查，這報告漏掉大丘村有民井…一定會漏，因為要保護民眾不會花很多時間設計調查。
此話一出更讓與會者不滿，質疑瑞昶引用永揚資料。瑞昶代表解釋，當初做報告是南縣環保局偕同，沒有授權其他單位協助，環保局提供地下水資料，我們拿來當等水位檢測數據，不知道永揚數據。與會者馬上質問「環保局提供永揚資料？」瑞昶代表話越說越破，想解釋，但連9公頃掩埋場面積都說成1公頃。這樣可做呈堂證物？
會議決議，疑似非法傾倒行為由環保署一個月之內查證，翻開不透水布並取樣十口井水，調查時通知環保團體。一個月內行文法院，說明本調查計畫目的為地下水污染查證，非水文地質調查報告，其水文、地質、範圍等證據不足，不足以判斷場址及大範圍區域之地下水流向。行文了，環保署調查公信力還有嗎？
