林全內閣完成小幅度改組，由原教育部次長陳良基接任科技部長，各界對陳良基如何推動產學合作、打通科技政策，頗多期待。
然而，教育界更關心的卻是，出身台大副校長的陳良基，在教育部次長任內對台灣高教轉型，提出了什麼政策與具體作法？對包括台大在內的高教學術醜聞事件，陳次長有何看法？做了什麼處置措施？現在轉任科技部長後，又要如何面對台大學術醜聞事件？
全教總認為，面對層出不窮的高教問題，面對貽笑國際的論文造假，陳良基部長的首要任務，就是查察弊案，重振高教形象，而出身台大的陳良基如何處理台大郭明良團隊論文造假案，不僅是檢驗陳部長能力的指標，也是評估台灣高教能否重拾社會信任的關鍵。
進一步看，近年來出現的論文造假案，真正的元兇正是扭曲、畸形的高教評鑑機制，造成高教體系深陷追求排名與績效主義迷思，教育部與科技部只有徹底改變這樣的形式主義，揚棄績效主義迷思，才有可能使高教發展重回正軌。
前世新大學校長賴鼎銘直指：
當前學術醜聞產生的動因：為了衝數量，掛名最容易；為了衝數量，抄襲、竄改及偽造在所不惜；為了衝數量，專找影響因子邊緣化的期刊！結果就是產生多年來屢受批評的：論文量可以世界排行在前，引用率卻吊車尾的特殊學術景觀！
賴鼎銘警告，學術醜聞，正在侵蝕台灣的學術及教育根基，只要看看最近幾個媒體的標題，就知道台大學術醜聞的後遺症有多大。賴鼎銘提醒台大，如不及早公布完整調查報告，不只台大聲望受挫，甚至社會對學術界的觀感都受到很深的衝擊，再拖下去，等報告出來，不管結果如何，報告的可信度都會受到質疑！
賴鼎銘建議，科技部或教育部，眼前重要的工作之一，除了讓此案盡快水落石出，更需要盡快建立抄襲、竄改、偽造等等學術欺騙的完整案例資料庫！這樣的資料庫，讓教師可以在上課時，舉例讓學生了解欺騙的各種現象及嚴重後果，間接建立我們健康的學術誠實文化！
東華大學諮商與臨床心理學系教授王純娟指出：
大學教師負有研究之責，惟研究若無「誠信」(integrity)，如何教大家相信研究成果，學術又如何進步。台大拿了全國最多教育資源，卻在2016年11月爆發郭明良研究團隊長期論文造假，台大校長楊泮池身陷其中卻試圖切割，戀棧權位，完全喪失作為台灣高教龍頭首長應有之高度與表率。
王純娟質疑由下級單位(院)組調查小組，涉案的校長未停職接受調查，下級單位會調查出什麼結果？答案可想而知。
王純娟並批評，台大教評會亦怠忽職責，理應解聘之人，卻任由他從去年11月11日公開說要辭職，三個月後還在職、且本薪之外多領250萬/年，當真是從學術到做人都是「騙」？王純娟建議，科技部要不要控告郭明良造假團隊，代表人民把科技部鉅額的研究經費(民脂民膏)追討回來？
政治大學社會學系副教授黃厚銘表示：
形式化、量化的評鑑標準，以及追求速成績效的心態，長期造成不少理工醫領域學者習於以衝論文篇數、累積點數、甚至是互相掛名、搶奪指導學生功績的方式來追求名利地位。這股歪風也早已經由教育部的評鑑制度和科技部所推動的TSSCI與THCI Core等期刊收錄名單擴散到人文社會科學。配合著「五年五百億」等所謂追求世界一流大學排行的補助措施，大學的教學功能亦受到擠壓，而失去教育的實質、損及學生權益。
黃厚銘指出，教育部停辦系所評鑑雖值得肯定，但如果前述速成與形式化的心態文化未改，在校務評鑑與個人升等與評鑑制度上，一樣不會帶來實質的改變。學校仍是要求個別學者填表提供量化研究表現資料，以供校務評鑑與升等之用。以致停辦系所評鑑的美意，頂多只是讓大學教師少填一次表格而已，而無實質意義。社會大眾更無需擔心各級學校就此沒了「健康檢查」。
南華大學應用社會學校副教授周平指出：
首先，教育部所委託成立的高教評鑑中心本身，是一個學閥擴張權力和利益網絡的溫床。從大多數歷屆主管及其部屬的出身背景和他們與各大學盤根錯節的過從關係，我們可以確定，高教評鑑中心從來就不是一個價值中立的評鑑機構。
其次，為了爭取利益的最大化，各私立大學紛紛捨年輕博士不聘，改而大量延聘教育部退休的高官或國立大學人脈和金脈皆佳的主管級教授，到私校坐領雙薪、擔任門神。從實效來看，許多大學確實因此挺過評鑑，獲取大量獎補助款項。這說明，評鑑助長了傳統文化中借勢借端、便宜行事的歪風。
再者，指標化的評鑑對受評單位而言，有如以單一標準尺度來衡量理應多樣的大學。導致各大學改以績效主義治校，對教職員施壓，要求他們在每個學期和每個學期中都要有能以量化數據顯現的成果。從此，大學中的研究、教學、服務和輔導，紛紛走向形式主義、短期速成、做假造偽的歧途。
全教總要求教育部、科技部負起責任
全教總認為，台灣高教問題已經病入膏肓，台大論文造假案，以及台大荒腔走板的處理方式，更是重創高教形象，台大做為台灣頂尖大學的代表，不能忘記大學社會責任(USR, University Social Responsibility)，郭明良團隊論文造假案如何處理，以及台大校長楊泮池的責任歸屬，就是社會重新評價台大的指標。
全教總並建議科技部與教育部，不要輕忽學術醜聞對台灣高教的傷害，來自台大的陳良基部長，更應以最高標準、儘快處理台大論文造假案，至於教育部更應勇於認錯，徹底放棄貽誤台灣高教發展的錯誤評鑑制度。